Le groupe s'est formé en 1990 et a changé de formation plusieurs fois. Il est à noter qu'il n'a jamais comporté de membre féminin. Tous les noms des membres du groupe originel ont été formés à partir du prénom d'une icône féminine (mannequin, actrice ou chanteuse) et du nom d'un tueur en série (règle non-respectée depuis 1998 avec l'arrivée de John5). Ainsi, le nom de Marilyn Manson est une référence à Marilyn Monroe et Charles Manson. Cette dualité belle/bête mise en exergue dans la construction des noms de scènes des membres a une signification forte dans la thématique du groupe Marilyn Manson, qui aime jouer sur la réconciliation des contradictions. En effet, Marilyn Manson prétend chercher à concilier les deux opposés (le Bien et le Mal, l'ange et le monstre) présents en chaque homme. Aussi, l'esthétique du groupe accentue-t-elle d'autant plus cette thématique : Manson, de même que l'ancien bassiste Twiggy Ramirez, ont cultivé leur allure androgyne de manière ostentatoire afin de provoquer un sentiment mêlé de peur et de désir.
En tant que groupe, Marilyn Manson apparut à Tampa Bay en Floride sous le nom Marilyn Manson & the Spooky Kids. C'est en 1992 que le groupe décida de s'appeler simplement Marilyn Manson, le frontman éclipsant la présence des autres membres. En assurant la première partie du groupe de musique industrielle Nine Inch Nails (NIN), Manson fait la rencontre de Trent Reznor, chanteur et leader de NIN. Cette rencontre sera décisive pour le groupe et son style musical. En effet, en 1993, Trent Reznor signera le groupe Marilyn Manson sur son label « Nothing Records » (ils n'en ont toujours pas changé à ce jour).
À l'instar de David Bowie, Marilyn Manson a associé à la création de chaque album un concept. Ce concept s'incarnant en un personnage auquel le chanteur s'identifie : l'antichrist pour l'album Antichrist Superstar, lors de la sortie de Mechanical Animal, la pop-star décadente et extra-terrestre Omega, quant à Holy Wood, il referme une sorte de trilogie inversée en présentant un être nommé Mercury. Pour Golden Age Of Grotesque l'arch Dandy.
Marilyn Manson s'est raconté dans son autobiographie « Les mémoires de l'enfer » Long road out to hell. On y découvre son enfance, ses parents et un étrange grand-père qui cachait dans sa cave des photographies zoophiles et des godemichets enduits de vaseline.
Marilyn Manson est perçu par le grand public comme un artiste dérangeant et provocateur. En effet, il déchaîne souvent les passions et semble travailler à ne pas inspirer d'indifférence. Les gens offensés par les paroles de Manson l'accusent de corrompre la jeunesse. Dans beaucoup de villes nord-américaines, protestations et pétitions l'ont empêché de se produire sur scène. Après le massacre de Columbine, beaucoup ont affirmé que c'était sa musique (avec d'autres du même style « gothique ») qui avait influencé Eric Harris et Dylan Klebold avant leurs meurtres, ceci malgré le fait que Harris et Klebold n'aimaient pas la musique de Manson. Dans un récent film Bowling for Columbine, Michael Moore, le réalisateur, a donné la parole au chanteur au sujet de cette tragédie. Lorsqu'on lui demandait ce qu'il aurait dit aux deux tueurs avant leur crime s'il avait pu les rencontrer, Manson répondit calmement « Je n'aurais rien dit ; je les aurais écoutés, ce que personne n'a fait. »
Très marqué dans son enfance par une éducation religieuse très virulente, le chanteur a construit son identité de scène dans la contestation de l'Amérique puritaine et du dogme chrétien. Ses premiers shows étaient d'une extrême provocation idéologique, sexuelle et religieuse.
De plus, Manson ayant été nommé Révérend de l'Église de Satan, par Anton Lavey, son fondateur, il s'est attiré les foudres de certains croyants et puritains. Interdiction de faire ses représentations dans certaines villes des États-Unis et du monde, horde de militants religieux priant pour sa rédemption devant ses concerts, tracts, procès sont le quotidien de ce chanteur qui a su créer un personnage à l'image sulfureuse.
Les membres actuels
* Marilyn Manson (Brian Warner) - Chant
* Madonna Wayne (M.W.) Gacy connu sous le nom de Pogo - Clavier et percussions
* Tim Skold (suédois anciennement KMFDM) - basse, né le 14 décembre 1966, depuis juin 2002 dans le groupe.
Les anciens membres
* Ginger Fish - Batterie (1993-2004)
* John 5 - guitare (1998-2004)
* Twiggy Ramirez - basse (1992-2003)
* Zim Zum - guitare (1996-1998)
* Sara Lee Lucas - batterie (1990-1994)
* Gidget Gein - basse (1990-1994)
* Daisy Berkowitz - guitare (1989-1996)
